設備清潔：保持設備的清潔是非常重要的，包括設備的外部和內部。設備外部應定期清潔，避免油污、藥液或玻璃碎屑等對設備造成損害。設備內部，尤其是與物料間接或直接接觸的管道，都要保持潔凈，要定期刷洗，及時清洗、滅菌，確保自動灌裝機干凈。
設備保養：定期檢查和保養自動灌裝機，以保證設備正常運行，并及時清理污垢和殘留物。例如，鏡面輪和搓輪需要定期的清理和保養，保養措施是拆分搜尋，清潔潤滑等。
安全操作：操作員應將必要的安全設備穿戴，并保證良好的身體狀態。灌裝人員必須清洗已經開開關、氣動接口的玻璃瓶子，或保持瓶子清潔無油脂。自動灌裝機在工作過程中，必須注意電源線的接頭是否松動等，以避免造成人身傷害和設備損壞。
設備存放：當自動灌裝機不再使用時，應在規定的地方存儲，避免灰塵和水分進入機器中。
電源管理：自動灌裝機使用后應斷開電源，并將機器清洗干凈。當自動灌裝機不再使用時，應在規定的地方存儲，避免灰塵和水分進入機器中。
溫度控制：控制好滅菌的時間和溫度，確保效果，還要避免殺菌時間過長或溫度過高，減少液體氧化，當殺菌后要盡快冷卻使溫度不超過35℃以上。
低溫灌裝：這是液體灌裝的硬性要求，一般情況下液體在低溫環境中不易產生泡沫，有利于灌裝。
控制灌裝溫度：控制好灌裝的溫度，以保證灌裝的質量和效率。